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1. 應(yīng)用背景
全基因組外顯子捕獲和目標(biāo)測(cè)序外顯子捕獲，是二代測(cè)序中的重要應(yīng)用，這需要一次性合成幾十至幾百萬條引物，OligoArray芯片式合成儀的出現(xiàn)解決了該問題，根據(jù)不同的配置，OligoArray可以一次性合成幾萬至幾十萬條引物OligoPOOL，幾十萬條引物在一個(gè)管中，這樣，在二代測(cè)序時(shí)，就可以在有限容量的芯片中，進(jìn)行有針對(duì)性的目標(biāo)序列進(jìn)行深度測(cè)序。得到質(zhì)量更好的數(shù)據(jù)。
2. OligoArray工作原理
將芯片放入合成儀中，合成儀控制芯片中每一個(gè)合成池的電極電位，在芯片上（一般為12000或者90000個(gè)合成池，即可同時(shí)合成12000或者90000個(gè)DNA的芯片），按照軟件設(shè)計(jì)的DNA序列，合成一定長(zhǎng)度的DNA，由待合成引物的3’端向5’端合成，相鄰的核苷酸之間通過3'→5'磷酸二酯鍵連接，由此合成所需要的DNA/RNA。合成后的大量DNA從芯片上剪切下來，即單管中就會(huì)含有幾萬條引物，用于二代測(cè)序等工作。
3. OligoArray的主要功能及應(yīng)用范圍
· 高通量Oligo合成
· 基因合成
· 全基因組外顯子捕獲引物合成
· 小RNA合成
4. OligoArray技術(shù)參數(shù)：
· 在芯片上的原位式電化學(xué)Oligo合成。
· 可同時(shí)裝載1～8張12k芯片（以8x12k配置為例）或者1～8張90k芯片（以8x90k配置為例），芯片規(guī)格：12K，90K。
· 單次最多合成8x90000個(gè)Oligo （以8x90k配置為例）
· 單次運(yùn)行時(shí)間：小于48小時(shí)（以80mer Oligo為例）
· 合成規(guī)模：每個(gè)Oligo合成量約為1f Mol
· 6個(gè)標(biāo)準(zhǔn)Amidite接口，6個(gè)試劑瓶位
· 電化學(xué)去保護(hù)
5. OligoArray技術(shù)要求
一次合成最多8x90,000條Oligo（8x90k配置為例），或者8x12,000條Oligo（8x12k配置為例），48小時(shí)內(nèi)即可完成，
平均每個(gè)合成循環(huán)的時(shí)間約為30分鐘（每延伸一個(gè)堿基的反應(yīng)為一個(gè)循環(huán)）
每個(gè)Oligo的合成規(guī)模在1f Mol左右（以80mer長(zhǎng)度為例）
可合成最長(zhǎng)達(dá)170mer的Oligo（長(zhǎng)度越長(zhǎng)，產(chǎn)率越低）。
8個(gè)合成池。
leave it on模式。
有6個(gè)單體瓶位和6個(gè)試劑瓶位
可使用非修飾單體或修飾單體和試劑進(jìn)行合成
電化學(xué)方法去保護(hù)，采用選擇性去保護(hù)方法，只將需要延伸的Oligo進(jìn)行去保護(hù)反應(yīng)，隨后進(jìn)行合成反應(yīng)。
如選擇Microarray配置，芯片可以在單色或者雙色熒光Reader上進(jìn)行掃描。
合成的Oligo可以Leave on chip 或者剪切下來做成Oligo Pool
